O Programa teve por objetivo geral “caracterizar os constituintes da flora e fauna, bem como a qualidade da água e do sedimento do manguezal da APA de Guapimirim e ESEC Guanabara antes do início das atividades do Complexo Petroquímico do Rio de Janeiro (COMPERJ), de modo a identificar indicadores, parâmetros e estratégias para a implementação de uma rede de monitoramento ambiental dos manguezais da APA Guapimirim e ESEC Guanabara, tendo em vista a implantação e operação do Complexo Petroquímico do Rio de Janeiro (COMPERJ)”
Baseou-se no conteúdo do Plano Básico Ambiental (PBA) aprovado pelo INEA (Instituto Estadual do Ambiente) para atendimento da condicionante 34 da Licença de Instalação n° FE014032 do COMPERJ. O Instituto Marés foi responsável pela execução dos seguintes sub-planos:
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